Địa bàn xã Ninh Phước hiện nay trước đây vốn là một phần xã Quế Phước thuộc huyện Quế Sơn.

Ngày 23 tháng 9 năm 1981, Hội đồng Bộ trưởng ban hành quyết định số 79-HĐBT[3]. Theo đó, chia xã Quế Phước thành 3 xã: Quế Ninh, Quế Phước, Quế Lâm.

Ngày 8 tháng 4 năm 2008, Chính phủ ban hành Nghị định số 42/2008/NĐ-CP[4]. Theo đó, thành lập xã Phước Ninh trên cơ sở điều chỉnh 8.298 ha diện tích tự nhiên và 2.130 người của xã Quế Phước; 3.930 ha diện tích tự nhiên và 1.456 người của xã Quế Ninh. Đồng thời, chuyển các xã Quế Phước, Quế Ninh và Phước Ninh về huyện Nông Sơn mới thành lập.

Sau khi thành lập xã Phước Ninh, xã Quế Phước còn lại 1.022 ha diện tích tự nhiên và 2.436 người, xã Quế Ninh còn lại 6.250 ha diện tích tự nhiên và 4.329 người.

Trước khi sáp nhập, xã Quế Phước có diện tích 10,34 km², dân số là 1.770 người, mật độ dân số đạt 171 người/km². Xã Quế Ninh có diện tích 51,27 km², dân số là 3.077 người, mật độ dân số đạt 60 người/km².

Ngày 10 tháng 1 năm 2020, Ủy ban Thường vụ Quốc hội ban hành Nghị quyết số 863/NQ-UBTVQH14 về việc sắp xếp các đơn vị hành chính cấp xã thuộc tỉnh Quảng Nam (nghị quyết có hiệu lực từ ngày 1 tháng 2 năm 2020)[1]. Theo đó, sáp nhập toàn bộ diện tích và dân số của hai xã Quế Ninh và Quế Phước thành xã Ninh Phước.